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生命学院宁康教授团队微生物亚种识别方法研究取得新进展

新闻网讯(通讯员 谭重阳)10月5日,牛津大学出版社(Oxford University Press)出版的《Bioinformatics》(2017年影响因子5.481)在线发表了生命学院宁康教授团队的微生物亚种识别方法Strain-GeMS(https://github.com/HUST-NingKang-Lab/straingems)。



生命学院宁康教授为通讯作者,生命学院硕士生谭重阳和南开大学讲师崔巍为共同第一作者。在已亚种鉴定方法ConStrains的基础上,该团队通过完成Multi-GeMS与SNP-flow, PAM等的整合,提供了一个更为准确的微生物亚种识别方法。在模拟数据上将Strain-GeMS与其他一些已有方法ConStrains,Midas,Sigma做了比较,验证了其亚种识别的准确性。同时将Strain-GeMS应用到哈扎人肠道微生物数据上,揭示了亚种出现规律的季节性变化。



据了解,人类的许多疾病都与单个微生物或者一组微生物有关,如Ⅱ型糖尿病(T2D),肥胖症,癌症和一些免疫相关的疾病。同一物种内的不同菌株可能对人类健康产生完全不同的影响。例如,Escherichia coli O157:H7是一种高毒力大肠杆菌菌株,而大肠杆菌中的大多数其他菌株不是致病的。将亚种识别应用到人体肠道和各种环境微生物群落的分析上,将会使我们对不同环境下的微生物亚种存在情况,对亚种的地理分布、主导性与持续性产生全新的认识。通过对某些特定致病菌株的鉴定,还可以把亚种识别应用到流行病监测和医学诊断上,更好地服务于人类健康。

文章链接:https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/bty844/5116146?searchresult=1


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